应用系统结构设计的目标是决定如何构造应用系统结构。多媒体应用系统必须将交互的概念融于项目的设计之中，而后确定组织结构是线性、层次、还是网状链接，然后着手脚本设计，绘制插图，屏幕样板和定型样本。通常结构设计中要确定如下内容：
(1)目录主题(Contents topic)，即项目的入口点。
目录主题应体现出良好的设计，目录主题同时设定了其它主题内容，所以应以整个项目为一体，形成一致而有远见的设计。目录主题将是整个系统的查询中心。
(2)层次结构和浏览顺序。
要建立每个问题相关主题的层次关系及其对项目显示信息顺序的影响。许多时候，信息所表示的是前一屏幕的后续部分而不是其它层的信息内容，故此时需建立其浏览顺序，使用户更好地理解内容。
(3)交叉跳转的确定。
编程实现应用系统设计的交叉跳转可通过相应转移语句实现。在使用多媒体创作工具时,要慎重使用，大量跳转使用户能随意浏览信息，但会使查找过于复杂，而且要花费许多时间对跳转进行检测以保跳转正确性。
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