第一，新现实主义主张"以国家为中心"的观点，即认为，虽然国际社会存在着不同国际关系角色，但国家仍是最中心的角色；新自由主义则主张"以全球相互依存为中心"的观点，认为国家不再是占中心地位的国际社会角色，世界政治经济多极趋势导致众多的角色活跃在国际舞台上。
第二，国际系统应主要包含结构和过程两部分，新现实主义所强调的是系统"结构层次"的分析，而新自由主义则注重系统"过程层析"的分析。
第三，新现实主义认为，国家仍视权力为目的或手段，仅是形式和重点有所改变，国家的一切行动仍是为了追求政治和经济权力，国家应根据自身的利益以合理的方式参与国际政治、经济和军事活动；新自由主义则认为，权力不再是国家行为的唯一目标，武力不再是国家对外政策的有效手段，指出全球相互依存、经济技术合作正逐渐占据国际关系的主导位置。