尽管毕达哥拉斯学派不像米利都学派那样把世界上千千万万的感性事物归结到某一种特定的物质形态，而是试图依靠抽象的思维来寻找一切感性事物所普遍具有的属性和关系，并把它看作是世界的本原。从人类认识论发展的角度来说，他们无疑是人类抽象思维的一大进步。但是，他们却只看到了万物共同拥有的量的属性和关系，也就是数，并且他们还把数这种属性和关系和万物分离开来，把数看作是先于万物而有的，看作是创造世界万物的非物质的实体，这就表现出明显的唯心主义倾向。作为本原的数是抽象、独立和普遍的东西，但在毕达哥拉斯学派严重却仍未摆脱其感性性质和直观的表象。为了用“数”来构造和说明充满感性事物的世界，他们所构造的事物又是有空间大小、甚至有颜色可以感知的东西，这就把抽象的东西本身看成是感性的物质东西。他们把算数中的数和几何学中的空间形状的量、自然界中的感性物体都混淆在了一起，充满了牵强附会。当然，他们的哲学是原始朴素的哲学，所以在前进中必然会陷入困难、矛盾和混乱，这是可以理解的。它虽然“不是感性的，但也还不是思想。因为数是可以重复的。” 把世界万物的数量属性和关系绝对化、客观化成为了毕达哥拉斯学派唯心主义认识论倾向的根源。
另外，毕达哥拉斯学派还提出了许多牵强的神秘主义观点。毕达哥拉斯学派的一个显著特征，就是“科学思维的萌芽同宗教、神话之类的幻想的一种联系。” 例如他们指出，数不仅可以表示万物的本原，它还具有精神方面的属性。他们认为，1是万物的生母；2是对立和否定的原则；3是万物的形体和形式；4表示了四种元素，也是正义的化身；5是奇数和偶数结合的产物，也表示婚姻；6是灵魂；7是智慧；8是友谊和爱情；9是理性；10是完满。不仅这样，他们还根据对数字这样的唯心主义理解，发展成为对数字的崇拜。在毕达哥拉斯学派发明著名的勾股定理之后，他们举行了一个“百牛祭”，邀请全城的人都一起来庆祝。他们认为数学不仅可以作为解开宇宙之谜的钥匙，也是人类应当崇拜的偶像，只有这样人类才能净化灵魂而获得永生。
3．毕达哥拉斯的和谐观
毕达哥拉斯学派承认对立面的存在，并且还把对立面作为存在物的本原。 他们认为，作为万物以及数的基础的“1”，本身就包含了奇数和偶数的两种对立性质，因为它加上偶数就变成奇数，加上奇数就会变成偶数。他们还指出，奇数的特点就是不能平分为两份，所以奇数是有限的；而偶数的特点则是可以平分为两份，所以偶数是无限的。因此他们得出结论，支配整个世界的根本原则就是有限和无限的对立。他们还列举了十个对立的方面，包括：有限和无限、奇与偶、一与多、左与右、阴与阳、动与静、直与曲、明与暗、善与恶、正方与长方。 他们把万物的对立面正好规定为不多不少的十对，这明显带有牵强附会的性质。当然他们提出对立面的世界观还是表现出一定的自发辩证法的苗头，这种探索精神是难能可贵的，这种对立思想对赫拉克利特也有积极的影响。
毕达哥拉斯学派对运动和对立的论述都是为了说明和谐，他们认为数与数之间有一种关系和比例，这种关系和比例就产生了和谐和秩序，万事万物以数为本原，也呈现出一派和谐的景象。他们提出了天体的和谐，根据亚里士多德的记载，他们认为“整个的天是一个和谐，一个数目。……例如，因为他们认为十这个数目是完满的，包括了数目的全部本性，所以他们就认为天体的数目也应当是十个，但是只有九个看得见，于是他们就捏造出第十个天体，称之为‘对地’。” 他们为了使天体的数目达到十这个所谓的完满的数目，除了太阳、地球、月亮、金、木、土、水、火、土和银河系这九个星体外，又创造了一个所谓的“对地”。他们认为这样的数目比例关系才能达到天体的和谐，这种和谐能使宇宙处于一种多变却又有秩序的永恒运动中，如同一首气势磅礴却又和谐动听的交响乐。毕达哥拉斯学派甚至还证明出人在安静的状态下是可以听到这种音乐的，它被称为是“天体音乐”。 他们认为天体在运动过程中，每个星体在速度、距离、轨道、大小等方面都具有一定的数学关系，这种关系不仅是科学的，还具有审美意义。恩格斯就此说到，“就像数服从于特定的规律那样，宇宙也是如此。于是宇宙的规律性第一次被说出来了。人们认为把音乐的谐音归结为数学的比例的是毕达哥拉斯。”
毕达哥拉斯学派还认为人的美德就是一种和谐。“美德乃是一种和谐，正如健康、全善和神一样。所以一切都是和谐的。友谊就是一种和谐的平等。” 他们将友谊、和谐、善良、正义等具有社会意义的概念从数学的角度进行诠释，反映了他在社会问题上的理想主义。这种和谐论也恰好反映了毕达哥拉斯在现实生活中反对通过斗争促进社会进步的贵族政治的要求。和谐概念的提出也是希腊哲学史上的进步，对后来苏格拉底、柏拉图、亚里士多德的目的学说都产生了重要影响。
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