因此，赫拉克利特不仅表明了世界万物的物质性，也阐述了世界是以火为基础的物质的变化的过程。这样一来，他的原始的唯物主义世界观就和他的辩证发展观结合在一起，被列宁称赞为“这是对辩证唯物主义原则的绝妙的说明。”
另外，与之前的米利都学派相似，赫拉克利特也认为人的灵魂和精神是物质性的。他批判灵魂不死、灵魂轮回的宗教迷信说法，他认为灵魂是从火出产生的，“死就是变成水。” 他也反对希腊的多神教以及偶像崇拜。他认为人们向着神像祷告是非常愚蠢的行为，就像和房子说话一样。他说：“他们向听不见的神像祷告，好像它们听得见似的；它们是不会回报，而且也不能提出任何要求的。” 当然，赫拉克利特本人也不否认神的存在，他也常常歌颂神，但他所信仰的神事实上是火和世界万物变化的规律，或者说是大自然之中存在的对立统一的现象。他说：“神既是昼又是夜，是冬又是夏，是战又是和，是盈又是亏。” 所以我们可以看出，赫拉克利特的思想是具有明显但又是朴素的唯物主义倾向的。
2．赫拉克利特的流变哲学
赫拉克利特认为，由于世界本原的火是永恒变化的，从火而衍生出的世界万物也应该都处于不停地运动变化之中。他肯定变化的永恒性和普遍性，说：“一切皆流，无物常住。”因为一切都在流动，都在不断变化、不断产生和消亡。我们面前的这个世界，不是一个静止的事物的总合，而是一个不停运动变化的过程。柏拉图非常重视赫拉克利特的流变思想，恩格斯说“这个原始的、朴素的，但实质上正确的世界观是古希腊哲学的世界观，而且是由赫拉克利特第一次明白地表述出来的：一切都存在，同时又不存在，因为一切都在流动，都在不断地变化、不断地产生和消失。”
赫拉克利特的这个辩证发展观其实是要批判当时流行的绝对静止不变的观点，所以他强调了事物运动变化的绝对性。但是后来他的学生克拉底鲁却把他的思想发展得绝对化，完全否定了事物的相对稳定和静止的一方面。赫拉克利特说“人不能两次踏入同一条河流”，克拉底鲁则更深入地说，人一次也不可能踏入同一条河流。克拉底鲁这样的说法就完全否定了事物相对的稳定性，认为万物都是处于瞬息万变的状态下，这样就陷入了相对主义的诡辩论，导致人们对所有事物都无法做出任何肯定或者否定的判断了。列宁就此说到，“这位克拉底鲁把赫拉克利特的辩证法弄成了诡辩”“他说：什么都不是真理的，关于任何东西都不可能说出什么来。从辩证法中得到否定的（而且仅仅是否定的）结论。” “辩证法曾不止一次地作过——在希腊哲学史上就有过这种情形——通向诡辩术的桥梁。” 这是在认识论中必须注意的一条重要的经验教训。
3．关于逻各斯的学说
赫拉克利特认为对事物直观、感性的认识是非常重要的。他认为：“爱智慧的人必须熟悉很多很多东西。”“凡是能够看到、听到、学到的东西，都是我喜爱的。” 但他更加重视的是智慧，也就是对事物理性的认识，因为他相信人光凭感性的经验是无法真正获得真理的，因为“自然喜欢躲藏起来，”只有人的思想、人的智慧才能“说出真理，并且按照自然行事，听自然的话。” 这里所说的思想和智慧其实就是“逻各斯”（Logos）。赫拉克利特说到：“这个‘逻各斯’虽然常在，人们在听说它以前和听到它时却老是不能理解。一切事物都按这个‘逻各斯’发生着，但是我在分别每一个事物的本性并说明它如何如此的那些话语和举止，人们在加以尝试时却显得没有经验。另一些人对他们醒着时所做的茫然，就像忘了他们在睡梦中所做的那样。” 因此逻各斯是每个人随时都会真正遇到、不能离开，人们所共有的东西，它就是世界万物的普遍客观的规律。只有认识到它并且按照它来行动的人才是清醒的，大多数人对它则是视而不见、不加思考的，就像睡梦中的人一样，因为睡梦中的人脱离了现实，只知道自己主观的梦境。
赫拉克利特将内在的本原称作“逻各斯”，这个词的原意是话语，赫拉克利特用它来表示“说出的道理”，并认为正确的道理表达了真实的原则。从各种记载可以看到，赫拉克利特对逻各斯有许多种的说法：支配万物的“命运”、“必然性”；“指导一切的东西”、“每天都要遇到的那些东西”；“驾驭一切的思想”；“灵魂所固有的”；“人人共有的” 。其实逻各斯的基本意思是清楚的，可以被理解为“原则”、“规律”，也就是作为世界本原的火的运动变化的客观规律，具体来说，就是支配世界万物的对立统一的规则。赫拉克利特认为人的智慧就在于能否认识到逻各斯，只有认识到这种客观事物运动变化的规律性，才能按照自然顺利地生活和行动。因此，他告诫人们要把握和遵守这个共有的“逻各斯”，而不要自以为是，装作聪颖。
赫拉克利特并没有把逻各斯看作是与火不同的本原，逻各斯和火分别是同一本原的内外两个方面。
首先，逻各斯其实就是上文中提到的“世界秩序”，它表现为“在一定分寸上燃烧，在一定分寸上熄灭”的火。第二，火的运动，也就是万物的消长都是可以感知到的，但是，在背后支配这些变化的逻各斯却是无法感知的。 第三，人必须运用思想，在变化无常的万物之中寻找到一个永恒的、同一的原则，才能认识到逻各斯，如果听从逻各斯的话，“承认一切都是一就是智慧”，即“真正的智慧就是一。”
那么，既然逻各斯是适用于万物运动的真理，为什么赫拉克利特要把它与火的本性联系在一起呢？为什么一定要把它归之于火这个物体呢？原因在于，他认为一个事物之所以会转化为另一个事物，就是因为它有所不足，而另一个事物则是有所多余的。并且在火、气、水、土等多种现象中，只有火的性质，如它的温度、形状、亮度、色彩等变化得最为明显和剧烈。因此火的不足或是多余更容易被人所发现和理解，从火的本性中就能直接展现万物转化的原因。所以他说：“世界的构成是不足，焚烧则是多余”；“火在升腾中判决和处罚万物” “判决”和“处罚”其实就是说万物在生成过程中损害了火，所以需要对其进行补偿。总之，逻各斯其实就是因为火自身的不足或是多余而导致事物之间相互转化的原则。
然而赫拉克利特还是无法摆脱其贵族奴隶主身份的偏见，他认为只有少数优秀的、高贵的人才有足够的智慧能够把握逻各斯的意义。
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