马克思主义社会科学方法论中的一个重要内容是系统论的方法，这在目前已经普遍地为人们所接受和采用，它包括：（1）整体性原则，即要求把研究的对象纳入它所属的整体，从整体来认识和对待。（2）相互联系性原则，即强调整体内的各个部分、各种要素相互之间的紧密联系。（3）有序性原则，即整体内部各部分、各要素的联系是有一定的结构和规律的。（4）动态性原则，即整体、部分、要素都处于运动变化之中，绝非静止不变的。（5）定量化原则，即它们的运动变化都可以用一定的数量表现出来。这种方法对研究国际问题确实是适用的，是很有价值的。但归根到底，我们还是要坚持唯物辩证法，即从国际社会的实际出发，去研究它的发展变化，也就是既要弄清国际社会的构成、各种力量的对比以及他们之间的相互关系，也要分析引起变化的动因、发生变化的条件、具体变化的表现以及变化的趋势和规律等。系统论的方法和唯物辩证法是一致的，或者说是唯物辩证法的具体化。
在国际政治学研究中坚持唯物辩证法，尤其要注意两点：一是正确地运用阶级分析方法。在国际政治的研究中，阶级分析的方法并未完全过时，这是由于无产阶级和资产阶级两大阶级的对立、社会主义和资本主义两种制度的对立所决定的。但是又不能把阶级分析简单化、绝对化。这是因为国际关系并不完全等同于阶级关系。一般来说，国家作为国际行为体，它在国际舞台上的活动，除了代表本国统治阶级的利益外，也代表整个国家、全民族的利益。同时，还要把阶级分析和历史分析很好地结合起来，因为某个阶级，或它的代表人物在不同时期、不同问题上，还会有不同的表现，决不能只看到阶级属性这一点，就简单地作出结论。二是要正确地运用经济分析的方法。既要坚持归根到底经济因素是历史过程中的决定性因素这一科学论断，又不能忽视上层建筑各种因素的反作用。这两个方面本来就是有机的联系在一起的，我们应该如实地把它统一起来，这也就是辩证法所说的对立的统一。只要真正坚持辩证唯物主义和历史唯物主义，我们就一定能得出正确的结论。
二、国际政治学的基本研究方法
在国际政治学研究中坚持以马克思主义为指导，需要我们善于将马克思主义方法论的精髓应用于具体的研究工作用。我们认为，政治与经济相结合的方法、历史分析法、比较分析法和定性定量分析法，不仅反映了马克思主义经典作家在其研究工作中所贯彻的方法和途径，而且集中了国际政治知识体系建构的基本经验和智慧遗产，应该成为国际政治学研究的基本方法。