教皇于1518年8 月命路德到罗马受审，并于1520下令将他革除教籍。路德与罗马教廷彻底决裂。在1520年，他发表了《致德意志民族基督教贵族公开书》，在书中他痛斥罗马教廷对德意志的掠夺，呼吁把世俗权利交还给德意志国王，企图以世俗权取代神权在德国的统治地位，使德意志从教廷的控制中摆脱出来。这场运动的性质也从此发生了改变，从改革教会的宗教运动演变成为一场政治运动。他原本只要改革一部分教规，主张取消赎罪券，但由于被革除教籍，他与教会彻底决裂，从此他也不再承认教皇的权威，唯以《圣经》为权威。他宣称教会如果不能自己进行改革，国家政权应予以挽救，教皇不是圣经的最后解释人，信徒人人都可直接与上帝相通而成为教士，根本不需要教会作为人与上帝交往的中介。此后他所代表的教派称为 “国新教”，昔日的天主教则成“国旧教”。他直接建立的教会成为“路德会”或“信义宗”。
在另一篇文章《论基督教的自由》中，他提出了“因信称义”。“因信称义”是路德改革思想的中心内容。路德强调人的内心基础，认为只要心存信仰，就会得到恩典，否认宗教信仰的外部力量—教会。他认为，如果内心没有信仰，无论是赎罪券还是圣礼都不能使自己得到解脱。个人通过虔诚信仰便可以获得灵魂救赎的思想，把人从教会的思想束缚中解脱出来，给人以精神自由，这种思想有利于培养资产阶级的个人主义和个性解放。路德通过对原始教义的研究认识到当时教会的教阶制、神职人员的世俗化都不是基督教的本意。路德认为，对上帝的信仰是教徒得到拯救的唯一条件，真正的基督徒，应该先做到内心信仰上帝，只有这样，才能得到救赎。他讲“但就信仰就能释罪，给人自由和拯救”。 路德并不否认信仰能产生 “善行”。他说：“善行并不能造成一个善人，但一个善人却能行善”。 他提出：“人人皆僧侣”，即无论什么人，只要受过洗礼，都能担任神职，人人可以研究《圣经》，任何人无论是贵族还是主教都不能把自己对《圣经》的解释强加给别人。在对圣经的解释问题上，人们甚至可以质疑教皇。这种思想使人们摆脱了教会的控制，结束了以往人们对教士的恐惧，摒弃了教士的中介告解制，对人性的赞扬成为激励人们从事改革的动力。他认为《圣经》是信仰的唯一权威。因为在中世纪时，《圣经》的占有权和解释权一度被罗马教廷所垄断。路德推行改革的一个重要思考是如何把《圣经》直接交到民众手中，让民众通过亲自阅读，了解《圣经》的教义，以便使罗马教廷丧失解释《圣经》的特权。他在与罗马教廷决裂后翻译《圣经》的德文版。他的德文译本出版后不仅实现了宗教还于民众的要求，还找到了维系全德意志民族感情的工具，增强了德意志的民族意识，从此以后德意志民族从思想上走向统一。
路德在宗教问题上还表现出国家主义和民族主义倾向。他提出应该建立一整套的民族教会原则，反对罗马教会对德国的专横和掠夺。从维护德意志的民族利益出发，他认为在信仰问题上，赦免权并不是专属于教会，应该属于全体教徒，每个教士都有赦免权，而且应当无代价地赐给信徒；在财产上问题上，他批评教皇以整体教会的名义买卖各种宗教职位，发售赎罪券，搜刮整个基督教世界的财富，国王有权管理和处置教会财产，日耳曼的金钱不能送给罗马教会和教主们；在教士的作用问题上，他宣称每个国家都有权力建立属于自己本国的教会，不受罗马教廷的控制，并指出国家政权不是神受的，续任权属于国王，教会不得干涉。他思想上国家主义和民族主义的倾向，受到了世俗国王和贵族的赞赏，也得到了新兴资产阶级的支持。
路德还提出了改革各国教会内部管理制度及宗教活动方式的主张。他认为宗教会不应该拥有独立的司法权，司法权应该由世俗政权统一施行，教士不能作恶而不受任何惩罚；神职人员在本质上和教徒并无区别，应该废除教会神职人员的特权和教阶制度，教会应该是教徒自愿结成的组织；；在圣事问题上，他主张教会应该减少朝圣和节日等妨碍人们劳动的活动，在罗马教会的七件圣事中，只保留洗礼、圣餐和忏悔，主张建立简朴、廉价的教会。但他的见解趋于保守,主要表现于他主持制定的礼仪改革中,仍保留了一些古老传统，如造解礼，周日礼拜与圣诞节等。
路德承认世俗国家存在有一定的积极意义，但他反对世俗君主像教皇一样，过多干预信仰领域。他提出过两个政府的理论，“基督徒不仅生活在上帝统治的宗教国度里，而且生活在凭法律治理的世俗国度里。也有两种法律：上帝的法律，适用于恩赐与仁慈的国度；世俗的法律，适用于愤怒的国度，这里有惩罚、法庭和判决，国王手里拿着宝剑。教会不应该享有世俗的行政、司法权力，不能干涉国家事务。在国家的管理上国王的权力是唯一合法的权力，但君主也不能干预信仰。”
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