加尔文极力的反对教会设立的繁文缛节，主张简化宗教仪式。他认为，教徒是否得到救赎，不在于进行忏悔，不是靠什么善行、功德和圣事，而是靠上帝的恩典。他认为，罗马教会的许多教规和仪式都没有保留的必要，按照教会的规定进行忏悔、苦修等功行，只不过是教会用来牟利的手段而已，并不能使人得到救赎。《圣经》是信仰的唯一依据，因此在圣事中只施行《圣经》所记耶稣亲自设立的洗礼和圣餐礼。
加尔文在宗教改革中实行了一整套政教合一的制度。在教会体制问题上，他实行了主张废除天主教的主教制，建立长老制教会。在政府体制上，加尔文并不赞成君主制，对民主制也抱有怀疑的态度。他按照分区的形式改组市议会，将日内瓦划分为数教区，各教区的政务均由长老和教区的牧师团体来处理。与此同时，日内瓦成立了由加尔文宗长老、议员和官员组成的可以颁布法律、甚至将教徒开除出教并密切监视人们的思想和行动的宗教法庭。长老制属于共和体制，由议会选举产生，由各教区民主选举的代表组成，是独立行使教会司法权的最高的行政机构。市议会主要负责世俗事务，教会负责宗教信仰和道德生活，但实际上，世俗和宗教两套人马相互渗透，两个机构组成了一个共同权利下的两个方面。加尔文上实际成为这一政教合一的政权的领袖，因此，有人称加尔文是新教的教皇，日内瓦是新教的罗马。
加尔文的宗教思想更适合新兴资产阶级的需要，因而在资本主义发展的英国、法国、荷兰等西欧各国得到了广泛的传播。加尔文宗在法国称为“胡格诺派”，在英国称为“清教”。在恩格斯说：“当路德的宗教改革在德国已经蜕化并把德国引向灭亡的时候，加尔文的宗教改革却成了日内瓦、荷兰和苏格兰共和党人的旗帜，使荷兰摆脱了西班牙和德意志的统治，并为英国发生的资产阶级的第二幕提供了意识形态的外衣”。 它对欧洲许多国家的新兴资产阶级的反封建斗争产生了重要影响，并为17世纪的英国资产阶级革命提供了思想武器。加尔文思想更具有理论型系统性，更能满足新兴资产阶级的需要。另外，加尔文教会改革的主张，对革命时期资产阶级民主共和制的建立产生了积极的影响。“加尔文的教会的组织是完全民主共和的，而在上帝的王国已经共和化了的地方，人间的王国还能够仍然从属于君王、主教和领主吗？当德国的路德教变成诸侯手中的驯服工具的时候，加尔文教在荷兰创立了共和国，并且在英国，特别是在苏格兰，创立了可有力的共和主义政党。”
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